Ma’had Aly Yusuf Masyhar lahir dari semangat intelektual para pengasuh dan masyayikh Pondok Pesantren Madrasatul Qur’an TebuIreng untuk memperkuat tradisi keilmuan Islam berbasis Al-Qur’an. Gagasan pendirian lembaga ini berawal dari keinginan untuk melahirkan generasi ulama yang tidak hanya hafal Al-Qur’an, tetapi juga memiliki kemampuan analisis terhadap ilmu tafsir, hadis, dan fiqh al-Qur’an. Melalui dukungan penuh dari pengasuh pondok dan civitas akademika, Ma’had Aly Yusuf Masyhar resmi berdiri sebagai lembaga pendidikan tinggi keagamaan Islam berbasis pesantren. Pendirian tersebut menandai babak baru dalam pengembangan pendidikan Al-Qur’an di lingkungan TebuIreng.

Sejak awal berdirinya, Ma’had Aly Yusuf Masyhar berkomitmen mengembangkan kurikulum yang memadukan kedalaman ilmu klasik dengan pendekatan akademik modern. Para dosen dan pengasuhnya terdiri atas para hafiz, mufassir, dan akademisi yang berdedikasi tinggi terhadap pengembangan ilmu-ilmu Al-Qur’an. Tradisi halaqah, bahtsul masā’il, dan kajian tafsir menjadi ciri khas dalam proses pembelajaran di lembaga ini. Dengan demikian, Ma’had Aly Yusuf Masyhar menjadi ruang yang hidup bagi tumbuhnya pemikiran Qurani yang ilmiah, moderat, dan kontekstual.

Dalam perjalanannya, Ma’had Aly Yusuf Masyhar terus berkembang menjadi pusat kajian Al-Qur’an yang diakui secara nasional. Berbagai kegiatan ilmiah seperti seminar, diskusi tematik, dan festival Qurani rutin diselenggarakan untuk memperkuat tradisi ilmiah di lingkungan pesantren. Lembaga ini juga aktif menjalin kerja sama dengan berbagai institusi pendidikan tinggi Islam guna memperluas jaringan keilmuan. Hingga kini, Ma’had Aly Yusuf Masyhar tetap berkomitmen mencetak kader ulama dan intelektual Qurani yang siap berkhidmat bagi agama, bangsa, dan peradaban.